因为酒精分子（C2H5OH）有两个末端，一端是憎水的（-C2H5），可以破坏蛋白质内部憎水基团之间的吸引力；一端是亲水的（-0H），但它难以破坏蛋白质外部的亲水基团之间的吸引力。

所以，过高浓度的酒精会在细菌表面形成一层保护膜，阻止其进入细菌体内，难以将细菌彻底杀死。若酒精浓度过低，虽可进入细菌，但不能将其体内的蛋白质凝固，同样也不能将细菌彻底杀死。人们经过反复的试验,浓度为75%的酒精杀菌力最强,所以医用消毒酒精一般都是含75%的纯酒精和25%的水。

它具有很强的渗透力，能够钻入细菌内部，使菌体蛋白质凝固（化学上叫做变性），造成细菌因失去活性而死亡。过去，人们以为纯酒精会使细菌的蛋白质变性得太快太强，蛋白质在细菌的表面凝固而形成硬膜，阻止酒精进一步渗入细菌内部，造成纯酒精不能消毒杀菌的结果。其实，单独的纯酒精或纯水都不能使蛋白质变性，只有当水和酒精同时存在时，酒精溶液才显示出使蛋白质变性的能力